Pegasus Airlines is in 1990 opgericht als een joint venture van Aer Lingus, Silkar Yatırım en Net Holding in Istanbul. De eerste vlucht van Pegasus is uitgevoerd in mei 1990 en zij zijn begonnen met slechts twee vliegtuigen. Tijdens de 19 daaropvolgende succesvolle jaren is Pegasus een van de belangrijkste luchtvaartmaatschappijen van Turkije geworden. Op dit moment bedient het vaste- en chartervluchten naar meer dan 100 verschillende bestemmingen in 17 landen. Vandaag de dag bezitten zij een vloot van 32 vliegtuigen, inclusief 22 state-of-the-art Boeings 737-800, twee Boeings 737-400 en drie Boeings 737-500. Daarnaast biedt het wet-leasing diensten aan andere luchtvaartmaatschappijen als deze extra capaciteit nodig hebben naast hun charterdiensten.
Pegasus mikt op de hoogste operationele standaarden om de passagiers veilige, comfortabele en punctuele vluchten te bieden. De activiteiten van Pegasus zijn gecertificeerd door het Directoraat-generaal voor de burgerluchtvaart van Turkije in overeenstemming met de reguleringen JAR-OPS 1 en JAR- FCL. Daarnaast beschikt Pegasus over het ISO 9001-2000 certificaat wat is bevestigd door SGS, het bedrijf voor inspectie-, verificatie-, test- en certificatiediensten dat is geaccrediteerd door de United Kingdom Accreditation Service.
Training is een van de prioriteiten van Pegasus. Zij bieden trainingen voor bemanning, piloten en technici voor de andere luchtvaartmaatschappijen in de binnenlandse sector evenals onderhoudsdiensten.
Esas Holding is in januari 2005 volledig eigenaar geworden van Pegasus Airlines. Op dit moment is Ali Sabancı de voorzitter van de raad van bestuur en is Sertac Haybat de algemeen manager van Pegasus. Een herstructurering is gestart om te voldoen aan de verwachtingen van de klanten, samen met de dynamiek die door het nieuwe management is geschapen. Als gevolg van deze inspanningen en de vragen en verwachtingen van de klanten, is Pegasus op 1 november 2005 begonnen met binnenlandse lijnvluchten.
Pegasus heeft geplande binnenlandse vluchten naar Adana, Ankara, Antalya, Bodrum, Dalaman, Diyarbakır, Gaziantep, Hatay, Izmir, Kayseri, Malatya, Mardin, Samsun, Trabzon en Van.
Vanaf Istanbul Sabiha Gökçen Airport, voert het ook internationale lijnvluchten uit naar Amsterdam, Athene, Basel, Berlijn, Brussel, Dusseldorf, Kopenhagen, Keulen, Frankfurt, Krasnodar, Londen, Marseille, Milaan, München, Noord-Cyprus (Ercan), Parijs, Rome, St. Etienne / Lyon, Stockholm, Stuttgart, Wenen, Zurich.